La struttura scientifica della SCR si articola su un duplice livello.
Il primo è un livello istituzionale della AUSL Toscana Sud Est, è normato da specifico regolamento aziendale e prevede:
Il direttore della scuola, il responsabile scientifico e il comitato direttivo-scientifico sono figure interne all’azienda e sono nominati dal Direttore Generale della AUSL Toscana Sud Est con specifica deliberazione.
Agli stessi sono delegate le funzioni di organizzazione, gestione e sviluppo della SCR.
Il secondo livello riguarda la Faculty scientifica della scuola e include figure sia interne alla AUSL Toscana Sud Est, sia esterne alla stessa. Ciò consente alla SCR di potersi avvalere di professionisti di elevata caratura tecnica e scientifica provenienti sia da centri italiani che stranieri.
La struttura della Faculty prevede una suddivisione per branche specialistiche: